Das Wauwilermoos zählt heute zu den am besten erforschten prähistorischen Gebieten im Kanton Luzern und ist von internationaler Bedeutung. Zahlreiche Ausgrabungen seit dem 19. Jahrhundert haben die Steinzeitforschung in der Schweiz massgeblich bereichert.

Die ältesten Funde stammen aus der Zeit vor etwa 16'000 Jahren, als die Menschen noch nomadisch lebten. Mit der Sesshaftigkeit um 5500 v. Chr. veränderte sich die Lebensweise tiefgreifend. Heute sind im Wauwilermoos etwa ein Dutzend Pfahlbaudörfer bekannt, deren älteste auf rund 4400 v. Chr. datieren.

Nach der Trockenlegung des Wauwilersees in den 1840er-Jahren wurden die Pfahlbausiedlungen wiederentdeckt. Das feuchte Klima im Torf hat Holzstrukturen und zahlreiche organische Funde hervorragend erhalten, die eine präzise Rekonstruktion der Lebensbedingungen ermöglichen. Heute sind diese Überreste jedoch durch Erosion, Austrocknung und intensive Nutzung gefährdet und zum Teil auch schon zerstört.

Hervorzuheben ist jedoch das 1929 entdeckte Pfahlbaudorf Egolzwil 3. Die prähistorische Fundstelle ist für die Jungsteinzeitforschung von so grosser Bedeutung, dass sie heute von der Zentralschweiz bis an den Zürichsee eine ganze Kulturphase bezeichnet, die Egolzwilerkultur. Seit 2011 gehört die Siedlung zum UNESCO-Weltkulturerbe «Prähistorische Bauten rund um die Alpen».